В 1771 году на Рогожском кладбище была построена деревянная часовня во имя святителя Николая. Через пять лет, в 1776 году, храм был отстроен в камне московским купеческим обществом поповщинского старообрядчества. В 1854 году храм переосвящён в единоверческую церковь. В 1864 году перестроен на пожертвования прихожан, перешедших в Единоверие из старообрядческой Бело-Криницкой общины поповского согласия. Единоверцы совершали богослужения по старому обряду, но священниками Русской Православной Церкви и подчинялись в иерархическом отношении официальной церкви. На строительство было дано благословение московского митрополита Филарета (Дроздова). Ввиду того, что храм был перестроен единоверцами, он стал официально называться Николо-Единоверческий храм на Рогожском кладбище города Москвы. Перестройка осуществлялась в 1863-1866 гг. по проекту архитектора Василия Николаевича Карнеева на средства купца Никандра Матвеевича Алясина, после чего храм приобрёл современный вид в «русском стиле». Заново построили трёхярусную колокольню с шатровым завершением и двумя шатровыми висячими гирьками. На три аршина были подняты своды основного объёма храма. Здание стало крестообразным в плане. В декоре были использованы мотивы русского зодчества XVII века. Завершение основного объёма церкви и приделов составляют пять крупных синих глав, с гранёными белыми барабанами. Центральный барабан крупнее остальных, имеет окна. В советское время храм не закрывался. С 1923 по 1994 гг. Покровский придел был передан советскими властями старообрядцам-беглопоповцам и отделён от основного придела стеной, сейчас упразднённой. После того, как в 1988 году единоверцам была предоставлена возможность совершать службы в храме Михайловской слободы Московской области, а беглопоповцам в 1993 году — в храме Покрова Богородицы на Новокузнецкой улице храм был целиком передан Русской Православной Церкви. Настоятель храма протоиерей Анатолий Цвиркунов. При храме действует воскресная школа и библиотека.